EM菌被廣泛運用于畜禽養殖業、水產養殖業、環境保護、醫藥行業及家庭日常生活等各個領域。
EM菌的機理與作用
一、在養殖業領域（一）能提高飼料有效養分的含量，氨基酸含量提高8%～28%，料肉（蛋）比下降15%左右。（二）能增強養殖對象的抵抗力，防止腸道感染，減少甚至不用抗生素類等藥物。（三）能有效地去除畜禽糞便惡臭，改善環境，防止污染，節約飼養成本，加快畜禽和水產品的增重與繁殖，并生產出無污染的肉、蛋、奶、魚等產品。
二、在環境保護領域（一）可去除污水中的污染物。（二）可控制水體藻型富營養化。（三）凈化土壤，改善透水性，控制水土流失。（四）有效處理垃圾，使之再利用。（五）凈化空氣。
三、在醫藥行業領域能吞噬存在于醫院環境和消毒液中的有害菌，使消毒液長期或一定時期內保持合格，使其不至于反復使用而造成對醫療用具、病房不同程度的再污染。
四、在家庭在家庭日常生活領域能抑制寄生在臥室、廚房、衛生間和室內空氣中的多種細菌、病毒，減少疾病的傳播和感染。
但市場購買的EM菌成本較高，1公斤在25元左右，但通過下面介紹的使用活力99增香增甜飼料發酵劑EM原液可節省成本近8-15倍！
活力99增香增甜飼料發酵劑（200克/包，市場售價僅需10元）由酵母菌、芽孢桿菌、乳酸菌等組成，通過下面的方法可以自制低成本、高品質的EM菌液，使用效果與市場上購買的基本一致。
在非金屬容器中將本品1包（200克）與1公斤紅糖（用甘蔗糖蜜代替效果更好）放入約50公斤溫水中，簡單密封48小時后就變成了加強型活性EM菌液（每毫升活菌在100億左右）。
EM菌液使用方法如下
1.在畜禽上的使用方法：根據不同動物飼養周期按其飼料重量的0.1%-0.5%拌入飼料或飲水中后進行飼喂或飲用。
2.養殖場緊急除臭生物消毒：取加強型活性EM菌液兌水30倍清水，對產生臭味與異味的養殖區域、糞污水道、糞堆、污水池進行噴灑，以噴灑表面濕潤為準，接待參觀前1-3小時補噴一次效果更好。
3.制作青貯飼料：每噸青貯飼料中加入10公斤加強型活性EM菌液，簡單噴灑在料上壓實密封發酵15天以上。
4.養殖水產上的使用：每畝使用5公斤加強型活性EM菌液進行噴灑，晴天進行噴灑后注意增氧。
